水仙宮創建於康熙四十二年（西元1703年），為昔日五條港地區的南勢港口尾端，是府城水陸交通必經之地。
北郊紳商再集資重修，並設郊商辦事處於此，遂使水仙宮成為當時府城的商業中心。
日軍為建防空地，拆除水仙宮的後、中兩殿，目前，水仙宮是一座單殿單進的建築形式，坐東朝西，水仙宮主祀水仙尊王，簡稱「水仙王」，也就是海神，對「自然崇拜」的信仰。
水仙王廟，大多是以大禹為主祀的神，配祀伍子胥、屈原、王勃、李白等四人，另有人說配祀的是伍子胥、屈原、項羽、奡王四人。
大禹因為利用疏導的方法治平水患，造福百姓，大家咸認他封冰百治服的能力，紛紛以水神來奉祀他。
