北極殿傳說是台灣最早的玄天上帝廟,創建於明鄭時代,時間約在西元1665年(明永曆19年)。
北極殿原址是荷蘭時代的中國醫館,西元1661年(明永曆15年),鄭成功登陸不久,即佔領此處充做救護站,待荷蘭人退出台灣後,鄭成功將之改建成寺廟,奉祀明朝守護神玄天上帝,稱為大上帝廟,是台灣明鄭時代最重要的信仰,也是明鄭時期的官廟之一。
北極殿主祀玄天上帝,又稱北極大帝、北極佑聖真君、開天大帝、元武神,俗稱上帝公、上帝爺或蒂爺公。
傳說,在元朝末年,朱元璋在鄒陽湖打了敗戰,逃到一座上帝公廟躲藏,祈求上帝公保佑他渡過劫難,後來,逃過元兵搜索的明太祖,在統一天下後,為了報答神思,遂於原處達新廟,重塑神像,並赦封為玄天上南,御賜「北極殿」匾。
目前,民間所崇拜的玄天上帝像,是披髮破足,手持寶劍,腳踩龜、蛇各一,象徵真君仗劍伏二妖的傳說。